Na Ostrově
Uměle vytvořený ostrov se stal ideálním místem pro hnízdění ptáků. Žijí zde stejné druhy jako jinde v lesích a parcích – sýkora koňadra, modřinka, brhlík lesní, kos černý.
Na náklady města byla provedena v první polovině 90. let 20. století zatím největší rozsáhlá oprava ostrůvku. Olše i vrby již měly mnoho suchých částí a hynuly věkem. Olše oslabené stářím navíc podléhaly houbové chorobě tracheomykóze. Při rekonstrukci se na ostrůvku provedla údržba zeleně – sekala se tráva, bylo odstraněno křovinné patro a olše suché nebo těsně před zánikem. Staré odumřelé dřeviny byly nahrazeny novými dřevinami stejného druhu (olše a vrby v poměru 1:1). Mimo to zde roste i keř korkovník.
Ve Vodě
S ohledem na velké množství živin se ve vodě hojně rozrůstají řasy i sinice. Ty způsobují nízkou průhlednost vody, a proto už se zde příliš nedaří vodním rostlinám. Pro ty je nepříznivá i vysoká obsádka ryb, které jednak vířením bahna ještě zhoršují průhlednost, vyhledáváním potravy ve dně vyrývají semenáčky a kořenové systémy vodních rostlin a v případě amura bílého rostliny přímo konzumují.
Typickými vodními rostlinami jsou zde řasy – ve Vajgaru nejčastěji zástupci zelených řas (šroubatka, žabí vlas) a rozsivky, které způsobují hnědou barvu vody na jaře.
Hygienické problémy přináší rozvoj sinic, například rodu Microcystis (velmi běžný druh produkující toxický mickrocystin. O sinicích pojednává jiný panel této stezky).
Dalšími podvodními obyvateli jsou škeble rybniční a škeble říční.
Škeble rybniční je největší druh škeble žijící v Čechách. Živí se řasami, prvoky a odumřelými částmi živočichů a rostlin. Potravu filtrují přes žábry do ústního otvoru. Množství profiltrované vody je u škeblí až 1,5 l za hodinu. Při větším množství mlžů může tato filtrace příznivě ovlivňovat kvalitu vody, takže je škoda, že jsou stále vzácnější.
Na Hladině
Při ústí Hamerského potoka, ale i jinde na hladině kvete leknín bílý. Původně ho na několika místech vysadili členové Okrašlovacího spolku Vesna v 19. století. Tento druh se na Jindřichohradecku vyskytuje zřejmě jen v rybníku Vajgar, protože původní místní populace leknínů jsou tvořeny leknínem bělostným.
U Vody
Na mnoha místech břehů Vajgaru se nachází rozsáhlé rákosiny zasahující až do vody. Mezi nejvýznamnější druh těchto rákosin patří kosatec žlutý. Zvláště u přítoku Hamerského potoka vytvářejí rákosiny plynulý přechod k mokřadním společenstvům olšin a vrbin. Olšiny ukrývají ohrožené druhy jako bazanovec kytkokvětýči rozpuk jízlivý. Olše můžeme vidět i samostatně rostoucí na břehu, mimo mokřadní společenstvo. Takové olše jsou potom schopny dožívat se vyššího věku, než jak by tomu bylo v původní olšině.
V rákosinách rostou vedle rákosu obecného také orobinec širolistý, zblochan vodní, zevar vzpřímený, lilek potměchuť, … V 16. století byl z Asie dovezen dnes již ne příliš hojný puškvorec obecný využívaný v likérnictví.
Olši lepkavou doprovázejí vrby – ušatá, jíva, popelavá, křehká, košíkářská, ale také černý bez, což svědčí o přítomnosti velkého množství dusíku v půdě.
Porosty rákosu vytvářejí vhodné útočiště pro vodní živočichy, ale i pro hnízdění vodních ptáků. Hojnost hmyzu nabízí dostatek potravy pro obojživelníky. V rákosí si dělá líhně a klade vajíčka i užovka obojková.
Na okraji Vajgaru směrem k Otínu (místo nazývané Severka) je mokřad, v němž byla historicky doložena hojnost bobrů. Prameny z 15. a 16. století nazývají tato místa bobrový hrad.
Z vodních ptáků můžeme na Vajgaru nejčastěji spatřit kachnu divokou, labuť velkou či poláka chocholačku. Rákosník obecný si zavěšuje své hnízdo mezi stébla rákosu.
Užovka obojková se dokáže se pohybovat na souši, ale umí také plavat a potápět se. Poznáme ji podle žlutých „měsíčků“ za hlavou. Všechny druhy našich užovek mají kruhovitou zornici na rozdíl od štěrbinovité zornice zmije obecné.
